Alle eingehenden Schlussabrechnungen werden zunächst einer systemseitig automatisierten Vorprüfung unterzogen. Ein Bestandteil der Vorprüfung ist ein umfangreicher Datenabgleich mit der Finanzverwaltung. Neben formalen Angaben werden hierbei insbesondere die Angaben des Antragstellers bzw. der Antragstellerin zum tatsächlichen Umsatz im Referenz- und Förderzeitraum abgeglichen.
Im anschließenden Prüfverfahren erfolgt unter Berücksichtigung der Vorprüfungsergebnisse eine vertiefte Prüfung der Schlussabrechnungen. Die oder der prüfende Dritte kann im Laufe des vertieften Prüfprozesses von der Bewilligungsstelle zur Vorlage zusätzlicher Nachweise (z.B. Rechnungen und Zahlungsbelege zu Fixkostenpositionen) aufgefordert werden.
Die Antragstellenden werden im Rahmen der Antragstellung über den möglichen Datenabgleich zwischen Bewilligungsstellen, Strafverfolgungsbehörden und anderen Behörden in den Erläuterungen informiert.