Beide Gewinnermittlungsmethoden sind grundsätzlich zulässig. Bei Unternehmen, die nach handelsrechtlichen Vorgaben prüfungspflichtig sind, ist die handelsrechtliche Gewinnermittlung maßgeblich. Unternehmen, die nicht nach den Vorgaben des Handelsgesetzbuches verpflichtet sind, einen geprüften Jahresabschluss zu erstellen, können Gewinne und Verluste auch auf der Grundlage der steuerlichen Ergebnisrechnung berechnen.
Die bei der Antragstellung angewandte Gewinnermittlung ist auch bei der Schlussabrechnung anzuwenden.